합작경영기업에 있어 외국측 당사자는 일반적으로 기업의 경영 및 관리에 일정 수준의 통제를 할 수 있다. 중외합작경영기업법 실시조례에 따르면 이사회는 기업의 최고권력기관이며, 그 정원배분은 당사자들의 출자비율을 참고로 하여 이루어진다. 동법에 의하면 그 회장은 중국측에서 지명하도록 되어 있지만, 실제상 총지배인을 외국측 당사자가 지명하고 있어 외국투자가들이 합영기업의 일상적 운영에 관여하고 있다. 또한, 최근의 보도에 의하면 외국측에서도 회장을 지도할 수 있도록 법률개정을 할 것이라 한다.

혼합형 합작경영에서는 합작경영기업과 아주 유사한 경영제도를 채택하고 있다. 그러나 진정한 합작경영에 있어서는 경영구조가 이보다 훨씬 융통성이 있다. 이러한 유형의 대부분은 공동관리위원회 또는 각 당사자들의 대표들로 구성된 유사기구에 의해 경영된다.

중외합작경영기업에 의하면 합작기업은 이사회 또는 공동관리기구를 두고 합작기업의 계약 또는 계약금의 규정에 따라서 중요문제를 의결하도록 하고 있다. 또한 중외합작자의 한쪽이 이사장 또는 주임을 맡으면 상대방은 부이사장 또는 부주임을 맡게 되며, 이사회 또는 공동관리기구에서 사장을 임명하여 합작경영의 일상 경영관리업무를 책임지게 한다. 합작기업 설립후에 경영관리를 합작자 이외의 사람에게 위탁하려면 이사회나 공동관리기구의 만장일치 결의에 의해 관계당국의 인가를 받고 공상행정관리부서에 등록을 해야 한다.

진정한 합작경영에 있어 실제적으로 중요한 문제는 양 당사자를 공동대리하여 계약을 체결할 능력을 갖춘 법인증의 불존재이다. 중국의 경제계약법에 의하면, 오로지 중국의 법인만이 다른 중국의 조직증과 토지대차, 물품의 조달 기타 목적을 위해 구속력있는 계약을 체결할 수 있다. 이러한 구속으로 인해 그러한 경우, 통상 중국측 당사자를 계약당사자로 하게 된다.