합자경영기업법 및 그 실시조례에서는 합자경영기업경영에 있어 2단계의 구조를 제시하고 있다. 첫째 단계는 ‘합자경영기업의 최고권력기관’으로서 일체의 중대문제를 결정하는 이사회이다. 둘째 단계는 일상경영관리업무를 담당하는 합자경영기업의 경영진이다.이사회 구성원은 합자경영기업자들에 의해 지명되며 그 임기는 4년이다. 실시조례에 따르면, 이사회의 구성은 당사자들의 협의에 의해 결정한다.

이사회는 최소한 3인으로 되어 있으나 법률상 그 최다인원제한은 없다. 이사회의 정원배분은 출자비율을 참고로 하도록 되어 있어, 합자경영기업등록자본의 다수를 보유하는 외국당사자가 이사회를 통제할 이론의 가능성은 있다. 그러나 동 조례에서는 회장을 중국측 합자경영자가 지명하고, 부회장을 외국측 합자경영자가 지명토록 하고 있다. 그러나, 최근의 보도에 의하면 외국기업의 책임자도 회장이 될 수 있도록 관계법을 개정할 것이라 한다.

합자경영기업은 적어도 매년 1회 이사회를 개최해야 한다. 동 조례는 회장이 회의를 소집토록 되어 있으나 다수의 합자경영기업은 그 정관에서 외국측 이사들의 요구 즉시 이사회를 소집토록 명시하고 있다. 이사회 개최를 위해서는 이사 3분의 2이상의 출석이 있어야 하며, 회의에 참가할 수 없는 이사는 위임장을 제출하여 자신을 대리하게 할 수 있다.합자경영기업 이사회의 의사결정은 외국투자가들에게 불만을 일으키는 근원이 되는 경향이 있다.

실시조례에 의하면 정관개정, 해산 및 청산, 등록자본의 변경 및 합병등과 같은 합자경영기업에 관한 기본적 결정인 경우에 만장일치를 요구하고 있다. 그러나, 기타의 모든 결정은 정관에 명시된 의사규칙에 따라 이루어질 수 있다. 통상 채적되는 것이 대수결이지만 이것이 일반적으로 실행될 수 있는 것으로 나타나지 않았다. 실제상, 중국측 협상자들은 이사회의 의석이 당사자들에게 동등하게 배분될 것을 주장한다. 그 결과, 양측의 지명자들은 집단투표를 하는 경향을 띄게되어 사실상 이사회의 모든 결정이 만장일치에 의하게 되는 것이다. 경영단계에서의 의사결정도 문제점이 있었다.

이 문제에 관해 합자경영기업법은 규정이 없지만 동 실시조례에서는 여러 경영직에 부차의 직위를 두는 제도의 사용을 요구하고 있다. 실제로 나타난 바에 의하면 대부분의 합자경영기업에 있어 외국측이 사장과 같은 최고경영자를 지명하고 중국측은 그에대해 부사장과 같은 부경영자를 지명한다. 이러한 두 갈래구조의 결과, 경영에 관한 결정은 일반적으로 현지의 지배인과 그 부지배인간의 합의에 의존하게 되며, 외국경영자의 독립의 의사결정은 상당히 제한된다.

일반적으로, 합자경영기업의 이사들은 고정된 보수를 받지 아니하고, 이사회에 참가하는 동안 발생된 교통, 숙박비 및 기타 비용에 대해 보상을 받는다. 실시조례에 의하면, 고급관리자의 임금대우는 이사회가 결정한다.대부분의 합자경영기업이 경험한 바에 의하면, 회사경영자의 임금수준 결정에 있어 중국측은 중국 및 외국의 직원이 동등한 대우를 받을 것을 강력히 주장한다. 합자경영기업의 외국당사자가 적어도 원칙적으로 이 점에 관한 중국측의 주장을 꺾은 적이 거의 없다. 그 결과 고위직원에만 동등한 대우를 하도록 한정하거나, 다른 타협적 해결책을 마련하는데 중점을 두게 되었다.