합자경영기업은 소득세, 공상통일세, 관세 및 부동산세등을 포함한 여러종류의 세금을 납부해야 한다. 또한 합자경영기업에서의 업무를 위한 외국직원들은 중국내에서 취득한 임금 및 봉급 등에 대해 개인소득세를 납부해야 한다.투자경영기업에 적용되는 가장 중요한 법률은 중외합자경영기업소득세법 및 그 실시세칙이다. 합자경영기업소득세법은 합자경영기업의 순소득에 대해 30퍼센트의 국세 및 납부세액 10퍼센트의 지방부가세를 포함한 33퍼센트의 단일세율로 과세한다.

또한 동법은 합자경영기업이 외국의 당사자에게 송금하는 배당금에 대해 10퍼센트의 원천세를 부과한다. 농업, 임업 등 비교적 이윤이 낮은 업종에 종사하는 일정 유형의 합자경영기업에 대해서는 여러가지의 조세혜율 및 유대조치가 되고 있으며, 합자경영기업의 외국투자가가 기업이윤을 재투자하는 특정한 경우에 납세액의 반환을 받을 수도 있다. 그러한 법률사의 혜율중 가장 중요한 것은 면세에 관한 것이다. 1983년 9월에 개정된 세법에 의하면 최소한 10년간 운영될 합자경영기업에 대해서는 이윤발생 최초 2년간 면세되고, 그 후 3년간은 소득세를 반감하여 밀수토록 하고 있다.

거래세인 공상통일세는 합자경영기업의 수입 및 판매와 써비스 거래로 수령한 총액에 대해 부과된다. 그 세율은 품목에 따라 2.5퍼센트로부터 69퍼센트에까지 이른다. 판매 또는 써비스 소득에 적용되는 공상세는 합자경영기업소득세법에 따라 과세소득에 계산을 할 때 공제될 수 있다. 공상세 이외에도 합자경영기업의 수출에 대해서는 관세가 부과된다.1983년 중반에 중국정부는 특정품목에 대한 공상세 및 관세를 면제하는 새로운 규칙을 공표하였다.
 
이 규칙에 의해, 수입된 기계, 장비, 부속품 기타 재료로써 현물출자로 제공되어 합자경영기업의 생산활동에 관련되어 있거나 기업등록자본의 일부로 제공된 재원으로 구입할 경우에는 면세가 허용된다. 또한 중국내의 생산 또는 공급이 보장될 수 없는 동일 유행의 물자가 합자경영기업의 기타 자금으로 구입한 경우에도 공상통일세 및 관세가 면제된다. 끝으로, 동 규칙은 합자경영기업이 수출을 위해 생산하는 제품에 관련해 사용하는 원자재, 부자재, 부품,부속품 및 포장재 등의 수입에도 면세를 인정하고 있다.

그러나, 사무용 차량에 대해서는 공상통일세 및 면세가 통상적 세율에 따라 계속 부과된다.부동산세는 중국측이 합자경영기업에 대한 출자의 일부로 제공한 공장 기타 건물에 부과된다. 세율은 1년에 1.2퍼센트로써 지방검정위원회에서 당해 재산에 대해 평가한 다음 금액에 대해 부과된다. 합자경영기업이 건물을 임차한 경우, 통상적으로 중국의 임대인이 납세한다.